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助力于单细胞全基因组研究的picoplex技术产品介绍
2020-10-27
「当您做单细胞全基因组研究时」 获得高覆盖度高保真性的全基因组扩增产物是准确全面的测序结果的保障。为了保证基因组高覆盖度无偏好性的扩增，在单细胞测序技术诞生的近二十年时间里，全基因组扩增技术经历了几次重大的变革，WGA主要有三种方式：DOP-PCR，MDA，MALBAC。 DOP-PCR： 技术原理：简并寡核苷酸引物PCR，引物的3' 含6bp的随机序列，可以随机的和基因组DNA结合，从而实现对全基因组的扩增。 应用范围：因为PCR的指数扩增特性，放大了基因组上不同序列之间的差异，因而导致扩增出的基因组覆盖度较低。尽管如此，在1M bin
size的水平上，DOP-PCR适合对染色体的CNV进行定量。
MDA： 技术原理：2001年由Laskin团队发明，使用随机的六聚体引物和φ29DNA聚合酶进行反应，该聚合酶具有很强的链置换特性，能够在等温的条件下，扩增产生50~100kb的DNA片段。同时由于其3’-5’核酸外切酶活性和校对活性，φ29
DNA聚合酶具有很高的复制保真性[2]。
应用范围：MDA法比DOP-PCR拥有更高的基因组覆盖度，φ29
DNA聚合酶的高效率及高保真性，使得MDA法在对SNV的分析，以及构建大片段文库上有着显著优势。但是，和DOP-PCR相同，MDA法依然是指数扩增，因此依然存在PCR反应的序列偏好性，然而，和DOP-PCR不同的是，这种偏好性并不能重复，因此MDA法不适合进行CNV的分析。 MALBAC： 技术原理：2012年由谢晓亮团队发明，拟线性的扩增过程降低了指数扩增的序列偏好性。扩增引物的5’含有27bp的共同序列，3’是8bp的随机序列，可以和模板在15~20℃的低温下结合，经过8~12个循环的拟线性扩增后，再对这些环状的扩增子进行指数扩增[3]。
应用范围：MALBAC法的优势在于，虽然它依然存在一定的序列偏好性，但和MDA不同，MALBAC的这种偏好性在不同的细胞之间是可重复的，因此可以通过对参考细胞标准化后，进行CNV的分析；另外，由于其扩增的均一性，MALBAC法扩增的等位基因敲除率更低。MALBAC的弱点在于，它使用的聚合酶保真性不如φ29，因此MALBAC在检测SNV时将会出现更多的假阳性；另外，由于它可重复性的序列偏好性，基因组上低扩增的区域有时会在扩增过程中丢失。
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| 单细胞全基因组扩增：PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 |
| 对于单细胞全基因组的研究，仅含有皮克级DNA的单细胞来说，量少而难以直接进行文库构建。因此需要先对单细胞中的DNA进行高质量的扩增。采用“随机引物引发线性扩增”+“发夹结构”在2.5小时内，仅需三步即可实现高再现性的全基因组扩增。作为PicoPLEX WGA Kit系列中的全新一代产品，PicoPLEX WGA Kit v3进一步优化了DNA聚合酶、扩增引物、操作流程，拥有更好的CNV检测分辨率，同时具备 高效的SNV检测能力，满足不同检测需求。PicoPLEX WGA Kit系列产品在全球被IVF行业供应商信赖，并用于胚胎植入前遗传学筛查和诊断（PGS/PGD）。 |
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| 流程示意图 |
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单细胞DNA文库构建：PicoPLEX? Gold Single Cell DNA-Seq Kit（index 需单独购买） |
| 由于NGS技术的迅速发展，使得对单细胞全基因组研究更为广泛和成熟。不过目前对于单细胞全基因组的文库构建，更多的方法是先进行单细胞全基因组扩增，再进行DNA文库构建两步走的方式，整个操作复杂，稍有不慎就很可能需要重头再来，让人头痛不已。，这款试剂盒将单细胞全基因组扩增和DNA文库构建两步整合在一起，只需四步三小时，便可完成单细胞到全基因组测序文库的华丽变身！ |
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产品信息如下： 品牌 货号 产品名称 产品规格
TAKARA R300671 SMARTer PicoPLEX? Single Cell WGA Kit 24 Rxns
TAKARA R300672 SMARTer PicoPLEX? Single Cell WGA Kit 96 Rxns
TAKARA R300673 SMARTer PicoPLEX? Single Cell WGA Kit 480 Rxns
TAKARA R300718 PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 24 Rxns
TAKARA R300722 PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 96 Rxns
TAKARA R300723 PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 480 Rxns
TAKARA R300381 PicoPLEX DNA-seq Kit 48 Rxns
TAKARA R300669 SMARTer PicoPLEX? Gold Single Cell DNA-seq Kit 24 Rxns
TAKARA R300670 SMARTer PicoPLEX? Gold Single Cell DNA-seq Kit 96 Rxns
TAKARA R300698 SMARTer PicoPLEX? Gold Single Cell DNA-Seq Kit 384 Rxns
TAKARA R400660 SMARTer DNA HT Dual Index Kit - 96N Set A 96
TAKARA R400661 SMARTer DNA HT Dual Index Kit - 96N Set B 96
TAKARA R400662 SMARTer DNA HT Dual Index Kit - 96N Set C 96
TAKARA R400663 SMARTer DNA HT Dual Index Kit - 96N Set D 96
TAKARA R400664 SMARTer DNA HT Dual Index Kit - 24N 48
TAKARA R400665 SMARTer DNA Unique Dual Index Kit - 24U Set A 48
TAKARA R400666 SMARTer DNA Unique Dual Index Kit - 24U Set B 48
TAKARA R400667 SMARTer DNA Unique Dual Index Kit - 24U Set C 48
TAKARA R400668 SMARTer DNA Unique Dual Index Kit - 24U Set D 48 |
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欢迎致电咨询！
现货供应，欢迎咨询。更多产品信息请关注微信公众号：华雅思创生物
欢迎您的致电 400 021 2200 150 2101 0459
代理商：重庆市华雅干细胞技术有限公司
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